Hola.
Este ejercicio me costo mucho, pero creo que lo logre. Les envio mi codigo para que me indiquen mis errores. Muchas gracias.
  import java.util.Scanner;
public class Comparacion2 {
    public static void main (String [] args) {
        String ingresoTeclado1 = "";
        String ingresoTeclado2 = "";
        System.out.println("Ingresa la 1ra palabra");
        Scanner inScanner = new Scanner(System.in);
        ingresoTeclado1 = inScanner.nextLine();
        System.out.println ("Ingresa la 2da palabra");
        Scanner inScanner2 = new Scanner(System.in);
        ingresoTeclado2 = inScanner2.nextLine();
        System.out.println ("Gracias"); 
        if (ingresoTeclado1.length() > ingresoTeclado2.length()) {
            for (int i = 0; i < ingresoTeclado2.length(); i++) {
                if (ingresoTeclado1.substring(i, i+1).equals(ingresoTeclado2.substring(i, i+1))) {
                    System.out.println(" La letra numero: " + (i + 1) + " es la misma en ambas palabras? " + ingresoTeclado1.substring (i, i+1).equals(ingresoTeclado2.substring(i, i+1))); 
                }
                else {
                    System.out.println (" La letra numero: " + (i + 1) + " es la misma en ambas palabras? " + ingresoTeclado1.substring (i, i+1).equals(ingresoTeclado2.substring(i, i+1)));
                }
            }
            for (int i = (ingresoTeclado2.length()); i < ingresoTeclado1.length(); i++) {
                System.out.println (" La 2da palabra no tiene la letra numero: " + (i + 1) ); 
            }
        }
        else if (ingresoTeclado1.length() < ingresoTeclado2.length()) {
            for (int i = 0; i < ingresoTeclado1.length(); i++) {
                if (ingresoTeclado1.substring(i, i+1).equals(ingresoTeclado2.substring(i, i+1))) {
                    System.out.println(" La letra numero: " + (i + 1) + " es la misma en ambas palabras? " + ingresoTeclado1.substring (i, i+1).equals(ingresoTeclado2.substring(i, i+1))); 
                }
                else { 
                    System.out.println (" La letra numero: " + (i + 1) + " es la misma en ambas palabras? " + ingresoTeclado1.substring (i, i+1).equals(ingresoTeclado2.substring(i, i+1))); 
                }
            }
            for (int i = (ingresoTeclado1.length()); i < ingresoTeclado2.length(); i++) {
                System.out.println (" La 1ra palabra no tiene la letra numero: " + (i + 1) ); 
            }
        }
        else {
            for (int i = 0; i < ingresoTeclado1.length() ; i++) {
                if (ingresoTeclado1.substring(i, i+1).equals(ingresoTeclado2.substring(i, i+1))) {
                    System.out.println (" La letra numero: " + (i + 1) + " es la misma en ambas palabras? " + ingresoTeclado1.substring (i, i+1).equals(ingresoTeclado2.substring(i, i+1))); 
                }
                else {
                    System.out.println (" La letra numero: " + (i + 1) + " es la misma en ambas palabras? " + ingresoTeclado1.substring (i, i+1).equals(ingresoTeclado2.substring(i, i+1))); 
                }
            }
        }
        
        System.out.println (" Ejercicio terminado");
    }
}